PCR实验室设计的中心问题是怎么避免污染。在实际作业中，多见的有以下几种污染类型：扩增产品的污染；天然基因组DNA的污染；试剂的污染以及标本间的污染。
因为一旦发作污染，试验就有必要停止，直到找到污染源为止，并且试验成果有必要报废，需从头进行试验。所以发作污染后再环绕试验室来寻觅污染源不光耗时并且繁琐，糟蹋人力物力。因而要避免污染，首要应是避免，而不是扫除。
a.合理的体系设置
（1）严厉的气流压力操控，确保不一样的试验区内不一样的压力请求。
（2）合理的空调通风体系设置，尽量采用全送全排的空调体系；
b.作业区域的严厉划分
（2）各个试验区域要有显着的符号（如醒目的门牌或不一样的地上色彩等），以避免各个不一样试验区域设备物品、试剂等发作混杂。
（1）各个试验区域设置合理；
c.严厉的办理
（1）尽量削减在试验区内不必要的走动以削减穿插污染的可能性。
（2）在各个试验区域运用带有显着差异象征的作业服（如不一样色彩），当作业人员脱离时不得将本区的作业服带至其它区域；
（3）严厉操控进出试验室的人员。与试验无关的人员不得随意进出试验室，有条件的情况下要设置独立的通道和进出全部试验区的门；
（4）扩增产品剖析区可能会用到某些可致基因突变和有毒物质，应特别注意试验人员的安全防护。
（5）扩增产品剖析区是最主要的扩增产品污染来历，废液不能在试验室中倾倒，有必要经消毒液浸泡消毒后在远离试验室的地方弃掉，用过的吸头号一次性资料也应经消毒液浸泡消毒后一致处理，如燃烧等；
d. 规范的操作
（1）清洗作业及时、准确。试验作业完毕后，有必要当即对本区进行清洗。除惯例的消毒液体对外表进行擦洗消毒或紫外线灯的照耀消毒外，对一些试验设备还应进行高压消毒处理。
（2）在试验操作过程中，操作者有必要戴手套，并常常替换。此外，操作中运用一次性帽子也是一个有效地避免污染的办法；
（3）临床基因扩增查验试验室的技术人员有必要进行上岗训练，经训练合格后才干从事临床基因扩增查验的作业.

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